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正在杨鸿章春风得意的时候，宋应星却来败兴了。这一日宋应星这位老头愁眉苦脸地来找杨鸿章，杨鸿章见到这位大科学家心中就在呐喊是什么事情让他如此，结果宋应星简单一说，杨鸿章也不淡定了。

原来宋应星自从上任之后就开始努力消除疫情的影响，作为杨鸿章全权委托处理知府衙门大小事务的父母官，宋应星自然最关心的就是农业生产。宋应星在南方对水稻生产有相当的研究。

他在《天工开物》中记录了农民培育水稻、大麦新品种的事例，研究了土壤、气候、栽培方法对作物品种变化的影响，又注意到不同品种蚕蛾杂交引起变异的情况，说明通过人为的努力，可以改变动植物的品种特性，得出了“土脉历时代而异，种性随水土而分”的科学见解，把我国古代科学家关于生态变异的认识推进了一步，为人工培育新品种提出了理论根据。

生命运动以极其纷繁的形式呈现在人类面前，众多物种是怎样产生的曾长期困绕着人们的思绪。宋应星在这个问题的认识上向科学迈出了一大步。他在谈到土坡、气候、魏培方法对农作物品种变化的影响时说:“凡稻旬日失水，则死期至，幻出早稻一种，筱而不粘者，即高山可插，又一异也。”在述及蚕种的培育时指出:“若将白雄配黄雌，则其用变成揭茧。”“今寒家有将早雄配晚雌者，幻出嘉种，一异也”。在这里，宋应星愧出了物种变异的重要科学思想。尤其值得指出的是，宋应星所记载的物种变异，有如起因于坏境的变化;有的起因于不同品种的杂交，涉及到了对物种变异的更深刻的理解。

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